世界各国在发展保健品的过程中，大体都经历了三个阶段：
第一代保健食品，是最原始的保健食品，仅根据食品中各类营养素或强化营养素的功能来推断这类食品的功能，未经严格的实验证明或严格的科学论证，只知道含有某些营养元素，但不知具体含量多少。这代保健食品包括各类强化食品及滋补食品，如鳖精、蜂产品、乌骨鸡、螺旋藻等。
第二代保健食品，这代食品须经过动物或人体实验，证明该产品具有某项生理调节功能。第二代的保健食品比第一代保健食品有了较大的进步，其特定的功能有了科学的实验基础。目前我国卫生计生委审批的保健食品绝大多数属第二代产品，也就是功能明确的保健食品，如三株口服液、脑黄金、脑白金、太太口服液等。
第三代保健食品，这代保健食品不仅需要经过人体及动物实验证明具有某项生理调节功能，还需确知具有该功效的有效成份（或称功能因子）的结构和含量，以及功能因子在食品中应有的稳定形态。具有功效成分明确、含量可以测定、作用机理清楚、研究资料充实、临床效果肯定等特点，代表着开发保健食品的发展方向。目前欧美、日本等国都在大力开发这一代产品。第三代保健食品在我国才刚刚起步。